靶向不可成药靶点KRAS[1]
KRAS简介- RAS是GTPase原癌基因家族成员 ，，，，，包括三个亲近相关的RAS亚型：HRAS、KRAS和NRAS。。。在所有RAS亚型中 ，，，，，KRAS突变频率最高 ，，，，，其次是NRAS和HRAS。。。KRAS突变在胰腺癌、肺癌和结直肠癌中尤为常见。。。在癌症中最常爆发突变的残基是G12、G13和Q61。。。KRAS卵白保存两种剪接变体KRAS4A和KRAS4B ，，，，，其中KRAS4B在人类细胞中占主导职位。。。KRAS(Kirsten rat sarcoma 2 viral oncogene homolog ，，，，，Kirsten大鼠肉瘤病毒癌基因同源物)基因是一种编码GTP/GDP连系卵白的原癌基因 ，，，，，属于GTPase RAS家族。。。KRAS卵白作为分子开关 ，，，，，在GDP连系的无活性状态和GTP连系的活性状态之间循环。。。KRAS卵白划分通过与GTP和GDP连系 ，，，，，在无活性形式和活性形式之间转换。。。虽然KRAS卵白具有内在的核苷酸交流和GTP水解能力 ，，，，，但其细胞信号传导状态是由鸟嘌呤核苷酸交流因子(GEFs)激活引起的 ，，，，，如催化GTP连系的SOS(Son of Sevenless)和Ras鸟嘌呤核苷酸释放卵白 ，，，，，以及GTPase激活卵白(GAPs)催化的去激活作用 ，，，，，如刺激GTP水解的p120GAP和神经纤维卵白(NF1)。。。
KRAS GTPase循环[1]
KRAS结构- KRAS卵白包括四个结构域。。。在三种RAS亚型中 ，，，，，N端的第一个结构域是相同的 ，，，，，第二个结构域的序列相似性相对较低。。。这两个区域对KRAS卵白的信号功效都很主要 ，，，，，并配合形成了G-结构域。。。KRAS卵白分子量为21 kDa ，，，，，由6条β-折叠链(形成卵白焦点)和5条α螺旋结构组成 ，，，，，形成两个主要结构域：G结构域和C端结构域。。。KRAS的G结构域由残基1-166组成 ，，，，，包括GTP连系口袋 ，，，，，该区域关于下游效应物和GTPase激活卵白(GAPs)之间的相互作用至关主要。。。G结构域是高度守旧的 ，，，，，包括认真GDP-GTP交流的switch I和switch II区域。。。C端是一个包括CAAX (C=半胱氨酸 ，，，，，A=恣意脂肪氨基酸 ，，，，，X=恣意氨基酸)基序的高变区 ，，，，，指导翻译后修饰并决议细胞膜锚定。。。该区域在RAS卵白的生物活性调控中起着主要作用。。。
KRAS的晶体结构[2]
KRAS二级结构的二维示意图[2]
KRAS信号通路- KRAS是激活一系列信号分子的上游信号传感器之一 ，，，，，能够转导信号从细胞外貌转达到细胞核 ，，，，，并调控一系列基本的细胞历程 ，，，，，如细胞分解、生长、趋化和凋亡。。。除了上述GTP/GDP连系外 ，，，，，KRAS信号的激活现在被以为是一个多办法的历程 ，，，，，需要适当的KRAS翻译后修饰、细胞膜定位和与效应卵白的相互作用。。。KRAS卵白的信号转导并不但爆发在细胞膜上。。。KRAS对下游信号通路的激活也可以由亚细胞区域(如内质网和高尔基体)的信号触发。。。在细胞外刺激作用下 ，，，，，从失活的RAS-GDP到激活的RAS-GTP的转化进一步增进了多种信号通路的激活 ，，，，，包括MAPK通路、PI3K通路和Ral-GEFs通路 ，，，，，其中以MAPK通路的特征最为显着。。。已知RAS-GTP直接与RAF卵白连系 ，，，，，将RAF激酶家族从细胞质招募到膜上 ，，，，，在细胞膜上二聚化并活化。。。激活的RAF随后对其下游底物 ，，，，，即MEK和ERK举行一系列磷酸化反应 ，，，，，并传导生长信号。。。
主要的KRAS效应通路[1]
KRAS卵白的结晶研究- 高通量结晶筛选1000+筛选条件
- 上海同步辐射光源 (Shanghai Synchrotron Radiation Facility; SSRF)yl23455永利加入了上海光源的设计、建设和治理 ，，，，，这是一个用于大分子晶体学的工业光束线站 ，，，，，大分子光束线于2009年7月开通。。。
工业用大分子晶体学线站卓越的光束线和效劳 更低的本钱 3.5 GeV存储环 整年运营紧邻张江高科技园区和浦东机场 - 研究案例KRAS-G12D
KRASG12D的筛选
KRASG12D的X射线衍射数据KRAS-G12D with MRTX1133
共晶的筛选
共晶的X射线衍射数据KRAS-G12D
KRASG12D与7RPZ的结构较量 ，，，，，绿色为PDB ID 7RPZ ，，，，，粉色为yl23455永利的数据。。。这些数据关联性很是强。。。KRAS-G12D with MRTX1133
KRASG12D与MRTX1133的共结晶结构(7RPZ, PDB)较量 ，，，，，绿色结构为PDB ID 7RPZ ，，，，，青色为yl23455永利的数据。。。这些数据关联性很是强。。。KRAS-G12D with MRTX1133
与GDP连系的KRASG12D与MRTX1133的共晶结构
KRAS靶向药物的体外研究- 在研究和开发的初始阶段 ，，，，，体外功效剖析对候选KRAS靶向药物的现实评估至关主要。。。这些剖析为验证KRAS靶向药物活性提供了科学依据 ，，，，，并提供了支持治疗效果的起源证据。。。因此 ，，，，，它们在KRAS靶向候选药物选择的决议历程中起着要害作用。。。KRAS细胞试验yl23455永利已履历证了KRAS突变细胞系的细胞毒性测试要领 ，，，，，2D和3D试验均可用于KRAS抑制剂的评估。。。
通过CellTiter-Glo检测2D细胞增殖试验
- 细胞毒性试验(3D)NCI-H358 (Lung, KRASG12C) Cell Cytotoxity Assay (3D)
以1 μM起始浓度、按1:3一连稀释的药物处置惩罚NCl-H358细胞288 h后 ，，，，，显微镜检测细胞毒性效果。。。
- NCI-H358 (Lung, KRASG12C) Cell Cytotoxity CTG Assay (2D; 3 days)
以1 μM起始浓度、1:3一连稀释的药物处置惩罚NCI-H358细胞72 h后 ，，，，，CTG测定细胞毒性。。。
- NCI-H358 (Lung, KRASG12C) Cell Cytotoxity CTG Assay (3D;12 days)
以1 μM起始浓度、1:3一连稀释的药物处置惩罚NCI-H358细胞288 h后 ，，，，，显微镜测定细胞毒性。。。
- 基于卵白的生化活性试验
Kras G12C-SOS1连系的IC50活性测试筛选试验化合物
- 鸟嘌呤核苷酸交流试验
KRAS在含有1mM BODIPY FL-GDP, 20 mM HEPES pH 7.6, 10 mM EDTA, 20 mM硫酸铵和1 mM DTT的溶液中 ，，，，，在4°C下孵育48小时。。。用20 mM MgCl2溶液阻止反应。。。将含有KRAS卵白的BODIPY-FL-GDP浓缩去除BODIPY-FL-GDP。。。图A：试验要领的MoA
KRAS靶向药物的药理药效学研究- KRAS突变-CDX模子
Cancer Type Cell Lines KRAS G12C MIA PaCa-2, NCI-H358, UM-UC-3, Calu-1 KRAS G12D GP2D, SW1990, AsPC-1 KRAS G12V SW480, CAPAN-1, NCI-H727 KRAS G13D LoVo, HCT-116, HT15 Medicilon Case: CDX - KRAS Mutation (G12C)
PDX主要突变/过表达/耐药模子GENE PDX ID KRAS Mutation PDXM-060C (p.G12V), PDXM-069C (p.G12V),PDXM-075C (p.G12D), PDXM-076C (p.G13D),PDXM-212Li (p.G12D) TP53 Mutation PDXM-060C (p.R273H), PDXM-072C(p.Y234H) PIK3CA Mutation PDXM-075C (p.H1047L), PDXM-092Ga (p.E545G) BCR-ABL Fusion PDXM-242Le ERBB2 Overexpression PDXM-069C, PDXM-016C, PDXM-060C, PDXM-087C, PDXM-104C… ... ... Resistance* PDX ID Docetaxel + Cisplatin PDXM-271O (Ovarian cancer) VDLP + MA + CVAD PDXM-293Le (Leukemia) Radiation PDXM-311(H&N) ... ... * Note: these resistance models are not related to KRAS mutation
- Medicilon Case: PDX -- KRAS Mutation (G12D)
Medicilon Case: AMG-510 Resistant Model - Calu-1 (G12C)
野生型肺癌模子
耐药肺癌模子(通过体内治疗2个周期(P2)建设 ，，，，，每个周期2个月。。。这里展示的是P3效果。。。
KRAS靶向药物的药代动力学研究- yl23455永利为KRAS靶向药物PK研究的要害参数提供高质量的定量剖析 ，，，，，效果准确。。。yl23455永利案例：KRAS-PDEδ抑制剂的药代动力学KRAS-PDEδ卵白-卵白相互作用是癌症治疗的一个极具吸引力的靶点。。。设计并合成了一系列高效的PROTAC PDEδ降解剂。。。最有潜力的Compound 17f是治疗KRAS突变型结直肠癌的PROTAC PDEδ降解剂。。。Compound 17f为KRAS-PDEδ相互作用的可成药性研究提供了新的化学工具或先导化合物。。。Compound 17f在SW480结直肠癌异种移植模子中具有显著的抑制肿瘤生长作用。。。这项验证研究为靶向KRAS-PDEδ相互作用的可成药性提供了新的战略 ，，，，，并为治疗KRAS突变型癌症提供了有用的先导化合物。。。
PROTAC战略和KRAS-PDEδ抑制剂Compound 17f[3]
- 接纳Sprague-Dawley (SD)大鼠举行Compound 17f的药代动力学研究。。。在剂量为50 mg/kg下腹腔注射给药后 ，，，，，剖析Compound 17f在血浆中的浓度。。。这些试验由yl23455永利举行。。。Compound 17f的半衰期约为5.1 h ，，，，，峰值浓度Cmax为564 ng/mL。。。虽然Compound 17f的分子量较大(MW=723) ，，，，，但能在大鼠体内有用吸收并抵达足够的血浆袒露量 ，，，，，其曲线下面积(AUC)值为4710 h·ng/mL。。。
Compound 17f在大鼠体内的PK参数[3]
yl23455永利助力KRAS项目举例- 2022年5月 ，，，，，NMPA批准了信诺维抗肿瘤1类新药XNW14010的临床申请 ，，，，，拟用于治疗伴有KRAS G12C突变的晚期实体瘤。。。XNW14010是一种高选择性的小分子KRASG12C卵白共价连系抑制剂。。。临床前实验数据显示XNW14010在差别的肿瘤模子中均有优异的抗肿瘤活性 ，，，，，且泛起优异的量效关系 ，，，，，并具有优异的经口给药药代动力学特征和较为理想的清静窗口。。。yl23455永利作为信诺维的相助同伴 ，，，，，为XNW14010的研发提供了（包括药代动力学和清静性评价在内）综合性临床前研究效劳 ，，，，，为项目获批临床提供了有力支持。。。
- 2024年9月 ，，，，，劲方医药KRAS G12C抑制剂达伯特?（氟泽雷塞片 ，，，，，GFH925/IBI351）获批上市。。。本品单药治疗适用于至少接受过一种系统性治疗的KRAS G12C突变型晚期非小细胞肺癌（NSCLC）成人患者。。。yl23455永利依托成熟的药代动力学研究平台 ，，，，，为氟泽雷塞提供了早期阶段的动物实验药物代谢动力学效劳 ，，，，，以研发历程的高效与精准 ，，，，，助力氟泽雷塞的早期开发。。。
- 2月28日 ，，，，，上海济煜医药自主研发的1类抗肿瘤立异药硫酸索西美雷塞片获国家药品监视治理局批准上市 ，，，，，用于治疗至少接受过一种系统治疗的KRAS G12C突变型晚期非小细胞肺癌（NSCLC）成人患者。。。yl23455永利作为济煜医药的恒久相助同伴 ，，，，，遵照中美双报的GLP标准 ，，，，，为硫酸索西美雷塞片提供了清静性评价研究效劳 ，，，，，助力药物研发历程加速。。。
- 参考文献：
[1] Pingyu Liu, et al. Targeting the untargetable KRAS in cancer therapy. Acta Pharm Sin B. 2019 Sep;9(5):871-879. doi: 10.1016/j.apsb.2019.03.002.
[2] Tatu Pantsar. The current understanding of KRAS protein structure and dynamics. Comput Struct Biotechnol J. 2019 Dec 26:18:189-198. doi: 10.1016/j.csbj.2019.12.004.
[3]Junfei Cheng, et al. Discovery of Novel PDEδ Degraders for the Treatment of KRAS Mutant Colorectal Cancer. J Med Chem. 2020 Jul 23;63 (14):7892-7905. doi: 10.1021/acs.jmedchem.0c00929.
[4]Gongmin Zhu, et al. Role of oncogenic KRAS in the prognosis, diagnosis and treatment of colorectal cancer. Mol Cancer. 2021 Nov 6;20(1):143. doi: 10.1186/s12943-021-01441-4.
[5]Tamas Yelland, et al. Stabilization of the RAS:PDE6D Complex Is a Novel Strategy to Inhibit RAS Signaling. J Med Chem. 2022 Feb 10;65 (3):1898-1914. doi: 10.1021/acs.jmedchem.1c01265.
[6]Timothy H Tran, et al. KRAS interaction with RAF1 RAS-binding domain and cysteine-rich domain provides insights into RAS-mediated RAF activa-tion. Nat Commun. 2021 Feb 19;12(1):1176. doi: 10.1038/s41467-021-21422-x.
